Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR) et le Crédit d’Impôt Innovation (CII) représentent des dispositifs fiscaux importants pour les startups engagées dans la recherche, le développement ou l’innovation.
Toutefois, leur sécurisation nécessite la mise en place de bonnes pratiques afin d’éviter tout risque de rejet ou de redressement fiscal. Les enjeux majeurs portent notamment sur la documentation de travaux et la justification des dépenses.
1. Qualification et justification des opérations éligibles : sécuriser CIR et fiabiliser CII dès l’origine du projet
- Points de vigilance :
- Vérifier que chaque projet de R&D ou d’innovation satisfait aux cinq critères du Manuel de Frascati : nouveauté, créativité, incertitude, systématicité, transférabilité/reproductibilité ; seules les activités de recherche fondamentale, appliquée et développement expérimental (incluant conception de prototypes ou installations pilotes) sont éligibles
- Démontrer dans le dossier CIR la réelle dissipation d’une incertitude scientifique ou technique, l’apport effectif de connaissance ou d’innovation ; le simple dépôt d’un brevet n’est pas suffisant
- Pour les logiciels, individualiser les dépenses afférentes aux seules parties innovantes et présenter l’état de l’art au moment du développement pour justifier le caractère innovant
- Exclure les activités de simple adaptation, d’intégration de techniques existantes ou de perfectionnement sans innovation substantielle, même en présence d’un brevet ou d’une licence
- Pour fiabiliser CII, démontrer que la conception de prototypes ou d’installations pilotes porte sur des produits nouveaux répondant aux critères d’innovation, sans utilisation industrielle normale
2. Organisation et conservation des justificatifs CIR : garantir la valeur probante du dossier CIR
- Points de vigilance :
- Structurer un dossier CIR avec une présentation générale de l’activité de la startup, description des objectifs R&D/innovation, niveau de qualification du personnel impliqué et état de l’art technique au démarrage du projet
- Intégrer une documentation scientifique et technique détaillée pour chaque projet, explicitant les objectifs, contraintes, incertitudes, progrès réalisés, ressources affectées, état de l’art et collaborations externes
- Joindre tous les justificatifs CIR relatifs à la qualification et à l’affectation des personnes (CV, diplômes, feuilles de temps, fiches de paie) et des sous-traitants (contrats, factures, rapports), en veillant à leur conformité formelle et à leur traçabilité
- Constituer des copies fiables des pièces justificatives : depuis le 1er octobre 2016, une copie fiable (papier ou électronique, avec garantie d’intégrité) a la même force probante que l’original ; respecter les exigences techniques pour la numérisation et l’archivage des factures ou autres pièces
- Respecter les délais légaux de conservation : 6 ans pour les factures électroniques établies depuis le 31 décembre 2022 ; conserver les pièces justificatives dans votre comptabilité
3. Calcul, déclaration et suivi des dépenses éligibles : fiabiliser CII et sécuriser CIR lors de la déclaration
- Points de vigilance :
- Identifier et ventiler correctement les dépenses éligibles (personnel, fonctionnement, amortissements, sous-traitance, etc.) et ne retenir que celles directement liées aux activités R&D/innovation, en excluant les coûts non justifiés
- Appliquer les règles de déduction des subventions publiques : déduire la fraction afférente aux opérations éligibles, au prorata, et au moment de l’exposition des dépenses ; en cas de subvention remboursable, réintégrer le montant lors du remboursement
- Assurer la traçabilité et la justification des dépenses sous-traitées : veiller à ce que le contrat soit conforme, que le sous-traitant soit agréé si nécessaire, et que la prestation soit clairement individualisée dans le dossier CIR
- Préparer la déclaration spéciale CIR/CII (n° 2069-A-SD) de façon rigoureuse, en anticipant les demandes de l’administration et en respectant les délais de dépôt, notamment pour les PME qui souhaitent bénéficier d’un rescrit CIR/CII.
4. Sécurisation face au contrôle fiscal CIR : anticiper et limiter les risques pour votre startup
- Points de vigilance :
- Mettre en place un suivi en temps réel des projets, avec traçabilité des moyens humains, techniques et financiers associés, pour répondre rapidement à toute demande de contrôle fiscal CIR
- Garantir la régularité, l’exhaustivité et la sincérité de la comptabilité, soutenue par des pièces justificatives internes et externes, pour conserver une valeur probante en cas de contrôle ou de contestation
- Organiser l’accessibilité et la restitution des documents, y compris numérisés, pour pouvoir les présenter sans délai à l’administration en cas de contrôle fiscal CIR
- Envisager le recours à la procédure de rescrit fiscal ou le contrôle à la demande pour obtenir une validation préalable de l’éligibilité des opérations et des dépenses CIR/CII
- Préparer des réponses argumentées, documentées et complètes en cas de demande de l’administration, et anticiper l’assistance d’un conseil spécialisé si besoin.
5. Gestion des sous-traitants et des flux de subventions : sécuriser CIR et fiabiliser CII dans les relations externes
- Points de vigilance :
- Vérifier la formalisation des relations de sous-traitance : les contrats doivent comporter les mentions obligatoires (objet, prix, conditions de règlement, propriété intellectuelle, durée, modalités de résolution des différends) et être signés par les parties
- S’assurer que le sous-traitant dispose des capacités techniques et humaines requises et qu’il est inscrit au registre obligatoire relevant de son activité ; exiger des justificatifs de la réalité des prestations facturées
- Contrôler les flux financiers liés aux subventions publiques : distinguer les subventions afférentes à des activités éligibles et non éligibles, appliquer le prorata et justifier toute ventilation en cas de contrôle
- Justifier, en cas d’avance remboursable ou de subvention, la correcte prise en compte dans la base de calcul CIR/CII l’année de l’exposition des dépenses, et la réintégration lors du remboursement
En conclusion, comment optimiser et sécuriser son CIR / CII ?
Pour bien sécuriser le CIR et fiabiliser le CII dans une startup, le jeune startuper doit veiller à la qualification précise des projets, à la production de justificatifs CIR complets et fiables, à une gestion documentaire rigoureuse, au respect des règles liées aux subventions et sous-traitants, et à la préparation méthodique de son dossier CIR/CII face au contrôle fiscal.
Cette organisation solide réduit fortement les risques de rejet, de redressement ou de sanction, tout en maximisant les chances d’obtenir et de conserver ces avantages fiscaux essentiels à la croissance de la startup.
Vous avez besoin d’un accompagnement pour votre dossier CIR ou CII ?
Notre cabinet, Monsieur Compta, est spécialisé dans l’accompagnement des startups innovantes. N’hésitez pas à nous contacter, nous sommes à votre disposition pour optimiser et sécuriser votre dossier.
